por K-Dense-AI
torchdrug é um toolkit nativo de PyTorch para machine learning com moléculas e proteínas. Use a skill torchdrug para escolher tarefas, datasets e modelos modulares para redes neurais em grafos, modelagem de proteínas, raciocínio em grafos de conhecimento, geração molecular e retrossíntese. Ela é mais indicada para desenvolvimento de modelos customizados e configurações reproduzíveis do que para demos prontas.
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O skill rdkit ajuda em fluxos de trabalho precisos de quimioinformática: análise de SMILES, SDF, MOL, PDB e InChI; cálculo de descritores; geração de fingerprints; busca por subestruturas; tratamento de reações; e criação de coordenadas 2D/3D. Use este guia do rdkit para controle avançado, sanitização personalizada e fluxos de trabalho de rdkit para análise de dados.
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Rowan é uma plataforma cloud-native de workflows para modelagem molecular e química medicinal, com API em Python. O skill rowan é mais indicado para previsão em lote de pKa, ensembles de conformeros e tautômeros, docking, cofolding, dinâmica molecular, permeabilidade e workflows de descritores quando você quer execuções reproduzíveis e programáticas sem precisar gerenciar infraestrutura local de HPC ou GPU.
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pytdc é uma skill para o Therapeutics Data Commons, oferecendo datasets e benchmarks prontos para IA em descoberta de fármacos para ADME, toxicidade, DTI, DDI, geração, splits por scaffold e predição farmacológica.
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primekg é uma skill de grafo de conhecimento PrimeKG para pesquisa acadêmica, conectando genes, fármacos, doenças, fenótipos e caminhos para exploração biomédica orientada por evidências e reposicionamento de medicamentos.
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A skill molecular-dynamics ajuda você a configurar, executar e analisar simulações de dinâmica molecular com OpenMM e MDAnalysis para fluxos científicos. Use-a para estabilidade de proteínas, ligação de ligantes, amostragem conformacional e análise de trajetórias, como RMSD, RMSF, mapas de contato e superfícies de energia livre. O foco está em configuração prática, campos de força e execução reprodutível.
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medchem é uma skill de filtragem em química medicinal para fluxos de trabalho científicos. Use-a para aplicar Lipinski, Veber, PAINS, alerts estruturais e métricas de complexidade na priorização de compostos, limpeza de bibliotecas, otimização de leads e revisão da qualidade de compostos.
