por K-Dense-AI
diffdock é uma skill de docking para prever poses de ligação entre proteína e ligante a partir de estruturas em PDB ou de sequências de proteína com ligantes em SMILES, SDF ou MOL2. Use a skill diffdock para design de fármacos baseado em estrutura, triagem virtual e análise de poses com pontuação de confiança. Ela não serve para prever afinidade de ligação.
por K-Dense-AI
A skill molecular-dynamics ajuda você a configurar, executar e analisar simulações de dinâmica molecular com OpenMM e MDAnalysis para fluxos científicos. Use-a para estabilidade de proteínas, ligação de ligantes, amostragem conformacional e análise de trajetórias, como RMSD, RMSF, mapas de contato e superfícies de energia livre. O foco está em configuração prática, campos de força e execução reprodutível.
por K-Dense-AI
Analise e faça a engenharia da glicosilação de proteínas com o skill de glycoengineering. Identifique sequons de N-glicosilação, estime hotspots de O-glicosilação e dê suporte à otimização de anticorpos, ao design de vacinas e aos fluxos de trabalho de Data Analysis com orientação prática para decisão.
por K-Dense-AI
skill esm para modelos de linguagem de proteínas, incluindo geração com ESM3 e embeddings ESM C. Use este guia do esm para design de sequências de proteínas, inverse folding, previsão de função e workflows de code generation com inferência local ou pela Forge API.
por K-Dense-AI
A adaptyv ajuda você a usar a Adaptyv Bio Foundry API e o Python SDK para instalar, enviar sequências de proteínas e recuperar resultados de ensaios. Use esta skill adaptyv para desenvolvimento de APIs, configuração de autenticação, estruturação de requisições e orientações práticas para fluxos de binding, screening, thermostability, expression e fluorescence.
