Genomics

A skill hugging-science ajuda você a encontrar e usar recursos de IA científica no catálogo Hugging Science e na organização `hugging-science` do Hugging Face. Ela é indicada para biologia, química, clima, genômica, materiais, astronomia e trabalhos semelhantes quando você precisa de um dataset, modelo, Space ou post de blog que realmente possa executar ou citar. Use-a para fluxos de uso do hugging-science e do guia hugging-science em vez de uma busca genérica.

dnanexus-integration é uma skill prática para trabalhos de genômica na nuvem com DNAnexus. Use-a para criar apps e applets, gerenciar uploads e downloads, executar workflows e automatizar pipelines com dxpy. O guia dnanexus-integration ajuda em tarefas de Desenvolvimento Backend que envolvem arquivos FASTQ, BAM e VCF, além de configuração específica da plataforma e execução de jobs.

scvi-tools é um framework em Python para análise probabilística de dados de célula única. Use esta skill do scvi-tools para correção de lote, embeddings latentes, expressão diferencial com incerteza, transfer learning e integração multimodal. Ela é uma ótima opção para fluxos de trabalho com single-cell RNA-seq, ATAC, CITE-seq, multiome e espacial, especialmente em casos de uso avançados de Machine Learning.

scvelo é um skill em Python para análise de RNA velocity em dados de RNA-seq de célula única. Use-o para estimar transições de estado celular a partir de mRNA não emendado e emendado, inferir a direção da trajetória, calcular tempo latente e identificar genes drivers. É especialmente útil para scvelo for Data Analysis quando você precisa de direção além de clustering padrão ou pseudotempo.

skill de scanpy para análise de dados de RNA-seq de célula única em Python. Use para QC, normalização, PCA, UMAP/t-SNE, clustering, descoberta de genes marcadores, análise de trajetória e gráficos com qualidade de publicação. É mais indicado para fluxos exploratórios de scRNA-seq centrados em AnnData, com orientações claras de uso e instalação do scanpy.

pydeseq2 é uma skill em Python para DESeq2 voltada à análise de expressão gênica diferencial em RNA-seq bulk. Use para comparar condições, ajustar desenhos experimentais com um ou vários fatores, aplicar testes de Wald e correção de FDR, e gerar gráficos volcano ou MA em fluxos de trabalho com pandas e AnnData.

gget é uma skill de bioinformática para acesso rápido e unificado a mais de 20 bancos de dados genômicos e ferramentas de análise via CLI ou Python. Use para informações de genes, buscas relacionadas a BLAST, estruturas do AlphaFold, dados de expressão, associações com doenças e análises no estilo enrichment. É uma boa opção para exploração rápida e fluxos de trabalho de análise de dados com gget.

geniml é uma skill para aprendizado de máquina com intervalos genômicos em arquivos BED, saídas de scATAC-seq e dados de acessibilidade da cromatina. Use-a para Region2Vec, BEDspace, scEmbed, picos consenso e outros fluxos de ML em nível de região. É uma boa opção quando você precisa de embeddings, clusterização ou orientação de pré-processamento para regiões genômicas.

O etetoolkit é um kit de ferramentas para árvores filogenéticas no fluxo de trabalho do ETE. Use o skill etetoolkit para analisar, editar, comparar, enraizar, podar e visualizar árvores em Newick, NHX, PhyloXML ou NeXML. Ele oferece suporte a filogenômica, análise de ortologia/paralogia, taxonomia do NCBI e saída em PDF ou SVG no estilo de publicação.

O depmap ajuda a analisar o Cancer Dependency Map para scores de dependência gênica de linhagens celulares de câncer, sensibilidade a drogas e perfis de efeito gênico. Use-o para identificar vulnerabilidades específicas de câncer, interações sintéticas letais e validar alvos oncológicos com um guia depmap reproduzível para Data Analysis.

A skill deeptools ajuda em fluxos de trabalho de análise de NGS no deepTools: conversão de BAM para bigWig, QC, comparação de amostras e heatmaps ou gráficos de perfil para ChIP-seq, RNA-seq, ATAC-seq e ensaios relacionados. Use-a como um guia prático de deeptools quando precisar de análise e visualização reproduzíveis via linha de comando.