dnanexus-integration

Visão geral da skill dnanexus-integration

A dnanexus-integration é uma skill prática para trabalhar com a plataforma de genômica em nuvem DNAnexus quando você precisa de mais do que um prompt genérico. Ela ajuda no desenvolvimento de apps e applets, upload e download de dados, execução de workflows e automação com dxpy para pipelines de genômica.

Para quem esta skill dnanexus-integration é indicada

Use esta skill dnanexus-integration se você está criando ou mantendo automação de Backend Development em torno do DNAnexus: scripts em Python, wrappers de pipeline, configuração de app ou orquestração de jobs. Ela é mais útil quando sua tarefa envolve arquivos como FASTQ, BAM ou VCF, ou quando você precisa de comportamentos específicos da plataforma que a assistência de código comum costuma não captar.

O que ela ajuda você a realizar

A principal tarefa é transformar uma demanda bruta da plataforma em uma implementação funcional no DNAnexus: criar um app/applet, definir inputs e outputs, executar jobs, gerenciar projetos e interagir com objetos de dados com segurança. O guia dnanexus-integration é especialmente relevante quando você precisa preservar as convenções do DNAnexus em vez de inventar seu próprio fluxo.

Por que esta skill é diferente

O repositório é organizado em torno de áreas reais de trabalho: desenvolvimento de apps, configuração, operações de dados, execução de jobs e o SDK em Python. Essa estrutura importa porque o trabalho no DNAnexus costuma falhar em detalhes como a estrutura de dxapp.json, o linking de inputs, o contexto de execução ou a diferença entre applets e apps. A skill dnanexus-integration é valiosa quando esses detalhes determinam se a solução realmente vai rodar.

Como usar a skill dnanexus-integration

Instale e carregue a skill

Para um fluxo local de skills, instale com:

npx skills add K-Dense-AI/claude-scientific-skills --skill dnanexus-integration

Depois abra primeiro SKILL.md, porque ele define o escopo pretendido e aponta para os arquivos de referência que trazem a orientação prática de fato. Se você estiver usando a instalação da dnanexus-integration como parte de um repositório maior, mantenha a skill junto ao contexto do seu projeto para que ela consiga se adaptar à sua própria estrutura de pastas e às restrições de implantação.

Comece com o formato certo de entrada

O melhor uso da dnanexus-integration começa com uma tarefa específica, não com uma solicitação ampla como “me ajude com DNAnexus”. Dê ao modelo o tipo de objeto, a linguagem e o resultado desejado:

• “Crie um applet DNAnexus em Python que aceite um arquivo BAM e uma qualidade mínima de mapeamento, e depois gere um BAM filtrado.”
• “Escreva os inputs do dxapp.json e o runSpec para um app Bash que faça download de um FASTQ, execute QC e envie os resultados.”
• “Mostre como iniciar um job de workflow com inputs vinculados usando dxpy.”

Esse nível de detalhe melhora a qualidade da saída porque o comportamento no DNAnexus depende do modelo de execução, do linking de arquivos e do formato de implantação.

Leia estes arquivos primeiro

Para a maioria dos usuários, o caminho mais rápido é:

1. SKILL.md para escopo e orientação sobre quando usar
2. references/app-development.md para estrutura de build e padrões de applet/app
3. references/configuration.md para dxapp.json, metadados e dependências
4. references/data-operations.md para tratamento de arquivos, records e objetos
5. references/job-execution.md para executar e monitorar jobs
6. references/python-sdk.md para instalação do dxpy e uso da API

Se você travar, leia o arquivo que corresponde ao ponto de falha: configuração para erros de build, execução de jobs para problemas em runtime, operações de dados para manejo de objetos.

Fluxo prático para obter resultados melhores

Use a dnanexus-integration como uma assistente de implementação:

1. Descreva o objeto da plataforma que você está criando ou modificando.
2. Informe se você precisa de um applet, app, script ou trecho de dxpy.
3. Forneça os inputs, outputs e tipos de arquivo esperados.
4. Diga se precisa de desenvolvimento local, execução na plataforma ou ambos.
5. Peça primeiro a menor versão funcional e depois amplie.

Esse fluxo reduz a adivinhação e torna o prompt resultante mais fácil de verificar contra as convenções do DNAnexus.

FAQ da skill dnanexus-integration

A dnanexus-integration é só para trabalho em genômica?

Na maioria dos casos, sim. O repositório é centrado em workflows de genômica em nuvem e bioinformática no DNAnexus, então ele se encaixa melhor em desenvolvimento de pipeline, operações com arquivos e automação de plataforma nesse ecossistema.

Preciso ter experiência com DNAnexus para usar?

Não, mas alguma familiaridade ajuda. Iniciantes ainda podem usar a skill dnanexus-integration se trouxerem um objetivo concreto e o tipo de arquivo. A skill ajuda menos quando a solicitação é vaga ou quando a pessoa não sabe se precisa de um applet, de um app ou de um script.

Por que usar isso em vez de um prompt normal?

Um prompt normal pode rascunhar código, mas a dnanexus-integration funciona melhor quando a tarefa depende de regras específicas da plataforma: dxapp.json, dxpy, gerenciamento de projetos e pastas, diferenças entre applet e app, e convenções de inicialização de jobs. Isso a torna mais confiável para tarefas de Backend Development que precisam rodar no DNAnexus.

Quando eu não devo usar?

Não use dnanexus-integration se sua tarefa não tiver relação com DNAnexus, se você só precisar de orientação genérica em Python ou se estiver trabalhando apenas com processamento local de dados, sem requisitos de execução na plataforma. Nesses casos, um prompt de programação geral será mais rápido.

Como melhorar a skill dnanexus-integration

Dê ao modelo os detalhes faltantes do DNAnexus

A maior melhoria vem de especificar o que o repositório não consegue inferir sozinho: tipos de arquivo, nomes de inputs, locais de output, linguagem de execução e se o job roda na plataforma ou a partir de um script externo. No uso da dnanexus-integration, “um workflow que processa arquivos VCF” é mais fraco do que “um applet em Python que recebe um VCF, um nome de amostra e um flag booleano, e então grava os resultados em /out.”

Fique atento aos modos de falha mais comuns

A maioria das saídas ruins vem de suposições de execução mal especificadas: linking incorreto de inputs, confusão entre applets e apps, omissão de campos de dxapp.json ou código que ignora o ciclo de vida dos objetos do DNAnexus. Se a primeira resposta parecer genérica, peça ao guia dnanexus-integration para estreitar para um único caminho de arquivo ou uma etapa de job por vez.

Itere do esqueleto até a produção

Um bom ciclo de melhoria é:

• primeiro pedir o app mínimo funcional ou um exemplo de dxpy,
• depois solicitar validação de inputs e outputs,
• então adicionar dependências, configurações de container ou gerenciamento de projeto,
• por fim pedir orientação de deploy ou de teste.

Isso costuma ser melhor do que pedir um pipeline completo de ponta a ponta de uma vez, porque as falhas no DNAnexus frequentemente vêm de configuração, não de algoritmo.

Use os arquivos do repositório como pontos de checagem

Se a resposta gerada estiver perto, mas ainda não for implantável, compare com references/configuration.md e references/job-execution.md antes de editar. Esses arquivos são a forma mais rápida de identificar metadados inconsistentes, especificações de execução incorretas ou premissas inseguras sobre o estado do job — exatamente o que a maioria dos usuários quer avaliar ao decidir se a dnanexus-integration vai funcionar para sua tarefa de Backend Development.