Drug Discovery

torchdrug là bộ công cụ native PyTorch dành cho machine learning trên phân tử và protein. Dùng skill torchdrug để chọn tác vụ, bộ dữ liệu và các mô hình mô-đun cho graph neural networks, mô hình protein, suy luận trên knowledge graph, tạo phân tử và retrosynthesis. Đây là lựa chọn phù hợp nhất cho phát triển mô hình tùy biến và cấu hình có thể tái lập, chứ không chỉ cho các demo có sẵn.

Kỹ năng rdkit hỗ trợ các quy trình cheminformatics chính xác: phân tích cú pháp SMILES, SDF, MOL, PDB và InChI; tính toán descriptor; tạo fingerprint; chạy tìm kiếm substructure; xử lý phản ứng; và xây dựng tọa độ 2D/3D. Hãy dùng hướng dẫn rdkit này khi cần kiểm soát nâng cao, sanitization tùy chỉnh, và quy trình rdkit cho phân tích dữ liệu.

Rowan là một nền tảng workflow cho mô hình phân tử và hóa dược theo hướng cloud-native, có Python API. Skill rowan phù hợp nhất cho dự đoán pKa theo lô, các tổ hợp conformer và tautomer, docking, cofolding, quy trình động lực học phân tử, độ thấm, và các workflow tạo descriptor khi bạn muốn chạy lặp lại, có tính lập trình, mà không phải tự quản lý hạ tầng HPC hoặc GPU tại máy local.

pytdc là một skill dành cho Therapeutics Data Commons, cung cấp các bộ dữ liệu và benchmark khám phá thuốc sẵn sàng cho AI cho ADME, độc tính, DTI, DDI, tạo phân tử, chia scaffold và dự đoán dược lý.

primekg là một skill đồ thị tri thức PrimeKG dành cho nghiên cứu học thuật, liên kết gen, thuốc, bệnh, kiểu hình và các đường đi để hỗ trợ khám phá y sinh dựa trên bằng chứng và tái sử dụng thuốc.

Kỹ năng molecular-dynamics giúp bạn thiết lập, chạy và phân tích mô phỏng động lực học phân tử với OpenMM và MDAnalysis cho Scientific workflows. Hãy dùng khi cần đánh giá độ ổn định protein, gắn kết ligand, lấy mẫu cấu dạng và phân tích quỹ đạo như RMSD, RMSF, contact maps và free energy surfaces. Kỹ năng này tập trung vào thiết lập thực tế, force fields và cách chạy có thể tái lập.

medchem là một kỹ năng sàng lọc hóa dược cho các quy trình Scientific. Dùng nó để áp dụng Lipinski, Veber, PAINS, các cảnh báo cấu trúc và các chỉ số độ phức tạp nhằm ưu tiên hợp chất, dọn sạch thư viện, tối ưu hóa lead và rà soát chất lượng hợp chất.