Genomics

Skill hugging-science giúp bạn tìm và sử dụng các tài nguyên AI khoa học từ Hugging Science catalog và org `hugging-science` trên Hugging Face. Đây là lựa chọn phù hợp cho sinh học, hóa học, khí hậu, genomics, vật liệu, thiên văn học và các công việc tương tự khi bạn cần một dataset, model, Space hoặc bài blog có thể chạy hoặc trích dẫn được. Hãy dùng nó cho nhu cầu sử dụng hugging-science và các workflow hướng dẫn hugging-science thay vì tìm kiếm chung chung.

dnanexus-integration là một kỹ năng thực tiễn cho công việc genomics trên đám mây DNAnexus. Dùng nó để xây dựng apps và applets, quản lý tải lên và tải xuống, chạy workflows, và tự động hóa pipelines bằng dxpy. Hướng dẫn dnanexus-integration hỗ trợ các tác vụ Backend Development liên quan đến file FASTQ, BAM và VCF, cùng cấu hình đặc thù của nền tảng và thực thi job.

pydeseq2 là một kỹ năng DESeq2 bằng Python cho phân tích biểu hiện gen khác biệt từ bulk RNA-seq. Dùng nó để so sánh các điều kiện, xây dựng mô hình một nhân tố hoặc nhiều nhân tố, áp dụng kiểm định Wald và hiệu chỉnh FDR, đồng thời tạo biểu đồ volcano hoặc MA trong các quy trình làm việc với pandas và AnnData.

gget là một skill tin sinh học giúp truy cập nhanh, thống nhất hơn 20 cơ sở dữ liệu hệ gen và công cụ phân tích từ CLI hoặc Python. Dùng nó để tra cứu thông tin gen, truy vấn liên quan đến BLAST, cấu trúc AlphaFold, dữ liệu biểu hiện, liên kết bệnh lý và các phân tích kiểu enrichment. Nó phù hợp cho việc khám phá nhanh và các quy trình phân tích dữ liệu với gget.

geniml là một skill cho học máy trên các vùng genomic, dùng với file BED, đầu ra scATAC-seq và dữ liệu khả năng tiếp cận chromatin. Hãy dùng khi bạn cần Region2Vec, BEDspace, scEmbed, consensus peaks và các workflow ML khác ở cấp vùng. Đây là lựa chọn phù hợp khi bạn cần embeddings, clustering hoặc hướng dẫn tiền xử lý cho các vùng genomic.

etetoolkit là bộ công cụ cây phát sinh chủng loài cho các quy trình ETE. Dùng skill etetoolkit để phân tích cú pháp, chỉnh sửa, so sánh, định gốc, tỉa và trực quan hóa cây ở định dạng Newick, NHX, PhyloXML hoặc NeXML. Skill này hỗ trợ phylogenomics, phân tích orthology/paralogy, taxonomy NCBI, và xuất PDF hoặc SVG theo phong cách xuất bản.

depmap hỗ trợ phân tích Cancer Dependency Map cho điểm phụ thuộc gen của dòng tế bào ung thư, độ nhạy với thuốc và hồ sơ tác động gen. Hãy dùng nó để xác định các điểm yếu đặc hiệu của ung thư, các tương tác gây chết tổng hợp và xác thực mục tiêu thuốc ung thư bằng một hướng dẫn depmap có thể tái lập cho Phân tích Dữ liệu.

Skill deeptools hỗ trợ các workflow phân tích NGS trong deepTools: chuyển BAM sang bigWig, QC, so sánh mẫu, và tạo heatmap hoặc biểu đồ profile cho ChIP-seq, RNA-seq, ATAC-seq và các xét nghiệm liên quan. Hãy dùng nó như một hướng dẫn deeptools thực tiễn khi bạn cần phân tích và trực quan hóa trên dòng lệnh có thể tái lập.