bởi K-Dense-AI
diffdock là một skill docking để dự đoán tư thế gắn kết protein-ligand từ cấu trúc PDB hoặc từ chuỗi protein kèm ligand ở định dạng SMILES, SDF hoặc MOL2. Hãy dùng skill diffdock cho thiết kế thuốc dựa trên cấu trúc, sàng lọc ảo và phân tích tư thế có chấm điểm độ tin cậy. Skill này không dùng để dự đoán ái lực gắn kết.
bởi K-Dense-AI
Kỹ năng molecular-dynamics giúp bạn thiết lập, chạy và phân tích mô phỏng động lực học phân tử với OpenMM và MDAnalysis cho Scientific workflows. Hãy dùng khi cần đánh giá độ ổn định protein, gắn kết ligand, lấy mẫu cấu dạng và phân tích quỹ đạo như RMSD, RMSF, contact maps và free energy surfaces. Kỹ năng này tập trung vào thiết lập thực tế, force fields và cách chạy có thể tái lập.
bởi K-Dense-AI
Phân tích và thiết kế glycosyl hóa protein với kỹ năng glycoengineering. Xác định các sequon N-glycosylation, ước tính các điểm nóng O-glycosylation, và hỗ trợ tối ưu hóa kháng thể, thiết kế vắc xin, cùng quy trình Data Analysis cho glycoengineering với hướng dẫn ra quyết định thực tiễn.
bởi K-Dense-AI
Kỹ năng esm cho các mô hình ngôn ngữ protein, bao gồm tạo sinh ESM3 và embeddings ESM C. Dùng hướng dẫn esm này cho thiết kế chuỗi protein, inverse folding, dự đoán chức năng và quy trình sinh mã với suy luận cục bộ hoặc Forge API.
bởi K-Dense-AI
adaptyv giúp bạn sử dụng Adaptyv Bio Foundry API và Python SDK để cài đặt, gửi chuỗi protein và lấy kết quả xét nghiệm. Hãy dùng skill adaptyv này cho phát triển API, thiết lập xác thực, định dạng request và hướng dẫn thực tế cho các workflow về binding, screening, thermostability, expression và fluorescence.
