par K-Dense-AI
diffdock est un skill de docking pour prédire les poses de liaison protéine-ligand à partir de structures PDB ou de séquences protéiques, avec des ligands en SMILES, SDF ou MOL2. Utilisez le skill diffdock pour la conception de médicaments fondée sur la structure, le criblage virtuel et l’analyse de poses avec score de confiance. Il ne sert pas à prédire l’affinité de liaison.
par K-Dense-AI
La compétence molecular-dynamics vous aide à configurer, exécuter et analyser des simulations de dynamique moléculaire avec OpenMM et MDAnalysis pour des workflows scientifiques. Utilisez-la pour l’étude de la stabilité des protéines, la liaison ligand-récepteur, l’échantillonnage conformationnel et l’analyse de trajectoires comme RMSD, RMSF, les cartes de contacts et les surfaces d’énergie libre. Elle met l’accent sur une configuration pratique, les champs de force et une exécution reproductible.
par K-Dense-AI
Analysez et concevez la glycosylation des protéines avec le skill de glycoengineering. Identifiez les séquons de N-glycosylation, estimez les zones à forte probabilité de O-glycosylation et appuyez l’optimisation d’anticorps, la conception de vaccins et les workflows d’analyse de données en glycoengineering grâce à des conseils pratiques pour orienter vos décisions.
par K-Dense-AI
Skill esm pour les modèles de langage de protéines, avec génération ESM3 et embeddings ESM C. Utilisez ce guide esm pour la conception de séquences protéiques, l’inverse folding, la prédiction de fonction et les workflows de génération de code, avec une inférence locale ou l’API Forge.
par K-Dense-AI
adaptyv vous aide à utiliser l’API Adaptyv Bio Foundry et le SDK Python pour l’installation, la soumission de séquences protéiques et la récupération des résultats d’essai. Utilisez ce skill adaptyv pour le développement API, la configuration de l’authentification, la structuration des requêtes et des conseils pratiques sur les workflows de liaison, de criblage, de thermostabilité, d’expression et de fluorescence.
