Graphs

torchdrug は、分子およびタンパク質の機械学習に特化した PyTorch ネイティブのツールキットです。torchdrug skill を使えば、グラフニューラルネットワーク、タンパク質モデリング、知識グラフ推論、分子生成、逆合成に向けて、タスク、データセット、モジュール型モデルを見極められます。用意されたデモを見るだけでなく、カスタムモデル開発と再現性の高い設定を重視する場合に最適です。

PyTorch Geometric のグラフニューラルネットワーク向け torch-geometric スキルガイドです。torch-geometric のインストール支援、torch-geometric の使い方、グラフ分類、ノード分類、リンク予測、異種グラフ、カスタム MessagePassing レイヤー、Machine Learning ワークフローでの GNN のスケーリングに役立ちます。

primekg は、学術研究向けの PrimeKG 知識グラフ skill です。遺伝子、薬剤、疾患、表現型、経路を結びつけ、エビデンス重視の生物医学探索やドラッグ・リポジショニングに役立ちます。

networkx は、グラフや複雑ネットワークを作成・解析・可視化するための Python スキルです。最短経路、中心性、クラスタリング、コミュニティ検出、グラフ構築、そしてデータ分析ワークフローにおける networkx の活用に使えます。ノードとエッジの関係や構造が重要なデータに最適です。