Mdanalysis

molecular-dynamics スキルは、Scientific ワークフロー向けに OpenMM と MDAnalysis を使った分子動力学シミュレーションのセットアップ、実行、解析を支援します。タンパク質の安定性、リガンド結合、コンフォメーションサンプリング、RMSD・RMSF・コンタクトマップ・自由エネルギー面などの軌跡解析に使えます。実務で使いやすいセットアップ、力場の扱い、再現可能な実行に重点を置いています。