dnanexus-integration
por K-Dense-AIdnanexus-integration es una habilidad práctica para trabajar con genómica en la nube de DNAnexus. Úsala para crear apps y applets, gestionar subidas y descargas, ejecutar workflows y automatizar pipelines con dxpy. La guía de dnanexus-integration ayuda en tareas de Desarrollo Backend que implican archivos FASTQ, BAM y VCF, además de configuración específica de la plataforma y ejecución de jobs.
Esta habilidad obtiene 78/100, lo que la convierte en una buena candidata para Agent Skills Finder. Quien consulte el directorio verá suficientes evidencias de que cubre flujos reales de DNAnexus —apps/applets, operaciones con datos, ejecución de jobs, workflows y uso de dxpy—, así que un agente puede activarla y aplicarla con menos conjeturas que con un prompt genérico, aunque sigue siendo más una referencia que una solución lista para usar.
- Cubre varios flujos concretos de DNAnexus, incluido desarrollo de apps, carga y descarga de datos, ejecución de jobs, workflows y scripting con dxpy.
- Tiene bastante contenido operativo, con frontmatter válido, sin marcadores de relleno y con varios archivos de referencia que añaden detalle progresivo.
- Incluye desencadenantes de uso explícitos y ejemplos específicos de la plataforma para FASTQ/BAM/VCF, permisos, dependencias y configuración relacionada con Docker.
- No incluye comando de instalación ni instrucciones de configuración en SKILL.md, por lo que su adopción requiere contexto externo de DNAnexus.
- Los archivos de apoyo son solo de referencia y no incluyen scripts ni recursos, lo que limita la guía de ejecución inmediata para agentes.
Panorama general de la skill dnanexus-integration
dnanexus-integration es una skill práctica para trabajar con la plataforma de genómica en la nube de DNAnexus cuando necesitas algo más que un prompt genérico. Ayuda con el desarrollo de apps y applets, la carga y descarga de datos, la ejecución de workflows y la automatización basada en dxpy para pipelines de genómica.
Para quién es esta skill dnanexus-integration
Usa esta skill dnanexus-integration si estás construyendo o manteniendo automatización de Backend Development alrededor de DNAnexus: scripts en Python, envoltorios de pipelines, configuración de apps u orquestación de jobs. Es especialmente útil cuando tu tarea toca archivos como FASTQ, BAM o VCF, o cuando necesitas un comportamiento específico de la plataforma que la asistencia de código habitual suele pasar por alto.
Qué te ayuda a hacer
El trabajo principal es convertir una tarea difusa de plataforma en una implementación viable en DNAnexus: crear una app o applet, definir inputs y outputs, ejecutar jobs, gestionar projects e interactuar con data objects de forma segura. La guía dnanexus-integration es especialmente relevante cuando necesitas respetar las convenciones de DNAnexus en lugar de inventar tu propio flujo.
Por qué esta skill es diferente
El repo está organizado en torno a áreas operativas reales: desarrollo de apps, configuración, operaciones de datos, ejecución de jobs y el SDK de Python. Esa estructura importa porque el trabajo en DNAnexus suele fallar por detalles como la forma de dxapp.json, el enlazado de inputs, el contexto de ejecución o la diferencia entre applets y apps. La skill dnanexus-integration es valiosa cuando esos detalles determinan si la solución realmente va a ejecutarse.
Cómo usar la skill dnanexus-integration
Instala y carga la skill
Para un flujo local de skills, instala con:
npx skills add K-Dense-AI/claude-scientific-skills --skill dnanexus-integration
Después abre primero SKILL.md, porque define el alcance previsto y señala los archivos de referencia que contienen la guía operativa real. Si estás usando la instalación de dnanexus-integration dentro de un repo más grande, mantén la skill junto al contexto de tu proyecto para que pueda adaptarse a tu propia estructura de carpetas y a tus restricciones de despliegue.
Empieza con la forma correcta de entrada
El mejor uso de dnanexus-integration empieza con una tarea concreta, no con una petición amplia como “ayúdame con DNAnexus”. Dale al modelo el tipo de objeto, el lenguaje y el resultado objetivo:
- “Create a DNAnexus applet in Python that accepts a BAM file and a minimum mapping quality, then outputs a filtered BAM.”
- “Write the
dxapp.jsoninputs and runSpec for a Bash app that downloads a FASTQ, runs QC, and uploads results.” - “Show how to launch a workflow job with linked inputs using
dxpy.”
Ese nivel de detalle mejora la calidad de salida porque el comportamiento de DNAnexus depende del modelo de ejecución, el enlazado de archivos y el formato de despliegue.
Lee primero estos archivos
Para la mayoría de los usuarios, la ruta más rápida es:
SKILL.mdpara alcance y orientación sobre cuándo usarlareferences/app-development.mdpara la estructura de compilación y los patrones de applet/appreferences/configuration.mdparadxapp.json, metadatos y dependenciasreferences/data-operations.mdpara manejo de archivos, records y objetosreferences/job-execution.mdpara ejecutar y monitorizar jobsreferences/python-sdk.mdpara instalación y uso de la API dedxpy
Si te atascas, lee el archivo que coincida con el punto de fallo: configuración para errores de compilación, ejecución de jobs para problemas en runtime, operaciones de datos para manejo de objetos.
Flujo de trabajo práctico para mejores resultados
Usa dnanexus-integration como un asistente de implementación:
- Describe el objeto de plataforma que estás creando o modificando.
- Indica si necesitas un applet, una app, un script o un fragmento de
dxpy. - Proporciona los inputs, outputs y tipos de archivo esperados.
- Menciona si necesitas desarrollo local, ejecución en la plataforma o ambas cosas.
- Pide primero la versión mínima que funcione y luego amplíala.
Ese flujo reduce las suposiciones y hace que el prompt resultante sea más fácil de verificar frente a las convenciones de DNAnexus.
Preguntas frecuentes de la skill dnanexus-integration
¿La skill dnanexus-integration es solo para trabajo de genómica?
En su mayoría, sí. El repositorio está centrado en flujos de trabajo de genómica y bioinformática en la nube de DNAnexus, así que encaja mejor para desarrollo de pipelines, operaciones con archivos y automatización de plataforma dentro de ese ecosistema.
¿Necesito experiencia en DNAnexus para usarla?
No, pero ayuda tener una familiaridad básica. Quienes empiezan también pueden usar la skill dnanexus-integration si aportan un objetivo concreto y un tipo de archivo. La skill es menos útil cuando la petición es vaga o cuando la persona no sabe si necesita un applet, una app o un script.
¿Por qué usar esto en lugar de un prompt normal?
Un prompt normal puede redactar código, pero dnanexus-integration funciona mejor cuando la tarea depende de reglas específicas de la plataforma: dxapp.json, dxpy, manejo de projects y folders, diferencias de comportamiento entre applets y apps, y convenciones para lanzar jobs. Eso la hace más fiable para tareas de Backend Development que deben ejecutarse en DNAnexus.
¿Cuándo no debería usarla?
No uses dnanexus-integration si tu tarea no tiene relación con DNAnexus, si solo necesitas consejo genérico de Python o si estás trabajando en procesamiento de datos solo local sin requisitos de ejecución en plataforma. En esos casos, un prompt general de programación será más rápido.
Cómo mejorar la skill dnanexus-integration
Dale al modelo los detalles de DNAnexus que faltan
La mejora más grande viene de especificar lo que el repositorio no puede inferir por sí solo: tipos de archivo, nombres de inputs, ubicaciones de output, lenguaje de ejecución y si el job se ejecuta en la plataforma o desde un script externo. Para un uso dnanexus-integration, “a workflow that processes VCF files” es más débil que “a Python applet that takes a VCF, a sample name, and a Boolean flag, then writes results to /out.”
Vigila los modos de fallo más comunes
La mayoría de los malos resultados vienen de supuestos de ejecución mal definidos: enlazar inputs de forma incorrecta, confundir applets con apps, omitir campos de dxapp.json o escribir código que ignora el ciclo de vida de los objetos de DNAnexus. Si la primera respuesta parece genérica, pide a la guía dnanexus-integration que se limite a una sola ruta de archivo o a un solo paso del job cada vez.
Itera desde el esqueleto hasta producción
Un ciclo de mejora sólido es:
- primero pedir la app mínima que funcione o un ejemplo de
dxpy, - luego solicitar validación de inputs y outputs,
- después añadir dependencias, ajustes de contenedor o manejo de projects,
- por último pedir orientación de despliegue o pruebas.
Suele ser mejor que pedir un pipeline completo de extremo a extremo en una sola vez, porque los fallos en DNAnexus suelen venir de la configuración más que del algoritmo.
Usa los archivos del repo como puntos de control
Si la respuesta generada está cerca, pero no se puede desplegar, compárala con references/configuration.md y references/job-execution.md antes de editar. Esos archivos son la forma más rápida de detectar metadatos no coincidentes, especificaciones de ejecución incorrectas o supuestos inseguros sobre el estado del job, que es justo lo que más importa a la mayoría de los usuarios cuando deciden si dnanexus-integration les servirá para su tarea de Backend Development.