Protein

diffdockは、PDB構造、またはタンパク質配列とSMILES、SDF、MOL2形式のリガンドから、タンパク質-リガンド結合ポーズを予測するドッキングスキルです。構造ベース創薬、バーチャルスクリーニング、信頼度付きポーズ解析にdiffdockスキルを活用できます。結合親和性の予測には対応していません。

molecular-dynamics スキルは、Scientific ワークフロー向けに OpenMM と MDAnalysis を使った分子動力学シミュレーションのセットアップ、実行、解析を支援します。タンパク質の安定性、リガンド結合、コンフォメーションサンプリング、RMSD・RMSF・コンタクトマップ・自由エネルギー面などの軌跡解析に使えます。実務で使いやすいセットアップ、力場の扱い、再現可能な実行に重点を置いています。

glycoengineeringスキルを使って、タンパク質の糖鎖修飾を解析・設計できます。N型糖鎖付加のシーコンを特定し、O型糖鎖付加のホットスポットを推定しながら、抗体最適化、ワクチン設計、データ分析ワークフローにおけるglycoengineeringを、実務向けの判断ガイドとともに支援します。

ESM3 の生成と ESM C 埋め込みを含む、タンパク質言語モデル向けの esm スキルです。ローカル推論または Forge API を使ったタンパク質配列設計、逆折りたたみ、機能予測、コード生成ワークフローに、この esm ガイドを活用できます。

adaptyv は、Adaptyv Bio Foundry API と Python SDK を使って、インストール、タンパク質配列の送信、アッセイ結果の取得を行うためのスキルです。API開発、認証設定、リクエストの組み立てに加え、binding、screening、thermostability、expression、fluorescence の各ワークフローに関する実践的なガイダンスを得るために使えます。