蛋白质

diffdock 是一個 docking 技能，可根據 PDB 結構，或蛋白質序列搭配以 SMILES、SDF 或 MOL2 表示的配體，預測 protein-ligand 的結合姿勢。可用於結構導向藥物設計、虛擬篩選，以及帶有信心分數的 pose 分析。它不適用於結合親和力預測。

molecular-dynamics 技能可協助你使用 OpenMM 和 MDAnalysis 來設定、執行並分析分子動力學模擬，適用於 Scientific workflows。可用於蛋白質穩定性、配體結合、構形採樣，以及 RMSD、RMSF、接觸圖與自由能面等軌跡分析。內容重點放在實作導向的設定、力場與可重現的執行流程。

使用 glycoengineering 技能分析並設計蛋白質醣基化。可辨識 N-醣基化 sequon、估算 O-醣基化熱點，並支援抗體最佳化、疫苗設計，以及資料分析流程中的 glycoengineering，提供實用的決策指引。

適用於蛋白質語言模型的 esm 技能，涵蓋 ESM3 生成與 ESM C embeddings。可用這份 esm 指南進行蛋白質序列設計、逆摺疊、功能預測，以及透過本地推論或 Forge API 執行 code generation 工作流程。

adaptyv 可協助你使用 Adaptyv Bio Foundry API 與 Python SDK 進行安裝、提交蛋白質序列，以及擷取分析結果。這個 adaptyv 技能適用於 API 開發、驗證設定、請求格式化，並可提供結合、篩選、熱穩定性、表達與螢光工作流程的實務指引。