por K-Dense-AI
diffdock es una skill de docking para predecir poses de unión proteína-ligando a partir de estructuras PDB o de secuencias de proteína junto con ligandos en SMILES, SDF o MOL2. Usa la skill diffdock para diseño de fármacos basado en estructura, cribado virtual y análisis de poses con puntuación de confianza. No sirve para predecir afinidad de unión.
por K-Dense-AI
La skill molecular-dynamics te ayuda a preparar, ejecutar y analizar simulaciones de dinámica molecular con OpenMM y MDAnalysis para flujos de trabajo científicos. Úsala para estudiar la estabilidad de proteínas, la unión de ligandos, el muestreo conformacional y el análisis de trayectorias, como RMSD, RMSF, mapas de contacto y superficies de energía libre. Se centra en la configuración práctica, los campos de fuerzas y una ejecución reproducible.
por K-Dense-AI
Analiza y diseña la glicosilación de proteínas con la skill de glycoengineering. Identifica sequones de N-glicosilación, estima hotspots de O-glicosilación y apoya la optimización de anticuerpos, el diseño de vacunas y los flujos de trabajo de análisis de datos para glycoengineering con orientación práctica para la toma de decisiones.
por K-Dense-AI
Skill de esm para modelos de lenguaje de proteínas, incluida la generación con ESM3 y los embeddings de ESM C. Usa esta guía de esm para diseño de secuencias de proteínas, folding inverso, predicción de función y flujos de trabajo de generación de código con inferencia local o la API de Forge.
por K-Dense-AI
adaptyv te ayuda a usar la API de Adaptyv Bio Foundry y el SDK de Python para instalar, enviar secuencias de proteínas y recuperar resultados de ensayos. Usa esta skill de adaptyv para desarrollo de API, configuración de autenticación, estructuración de solicitudes y guía práctica para flujos de trabajo de binding, screening, thermostability, expresión y fluorescencia.
