dnanexus-integration
作者 K-Dense-AIdnanexus-integration 是一個實用的 DNAnexus 雲端基因組工作技能。可用來建立 apps 和 applets、管理上傳與下載、執行 workflows，並透過 dxpy 自動化 pipelines。dnanexus-integration 指南特別適合處理後端開發任務，涵蓋 FASTQ、BAM、VCF 檔案，以及平台特定設定與 job 執行。
這個技能的評分是 78/100，屬於 Agent Skills Finder 裡相當穩健的收錄候選。目錄使用者能從內容看出它確實涵蓋 DNAnexus 的實際工作流程——apps/applets、資料操作、job 執行、workflows 與 dxpy 使用——因此 agent 在觸發與套用時，比起泛用提示更有依據，但整體仍偏向參考型，而不是開箱即用。
- 涵蓋多種具體的 DNAnexus 工作流程，包括 app 開發、資料上傳/下載、job 執行、workflows，以及 dxpy 腳本化操作。
- 具備相當完整的操作內容，包含有效 frontmatter、沒有 placeholder 標記，且有多個 reference 檔案提供逐步深入的細節。
- 包含明確的使用觸發條件，以及針對 FASTQ/BAM/VCF、權限、依賴項與 Docker 設定的平台特定範例。
- SKILL.md 中沒有提供安裝指令或設定步驟，因此採用時需要額外的 DNAnexus 背景知識。
- 支援檔案僅為參考內容，沒有 scripts 或 assets，會限制 agent 開箱即用的執行指引。
dnanexus-integration 技能概覽
dnanexus-integration 是一個實用的技能，適合在 DNAnexus 雲端基因體平台上工作，尤其是在你需要的不只是一般提示詞時。它能協助 app 與 applet 開發、資料上傳與下載、工作流程執行，以及以 dxpy 為基礎的基因體管線自動化。
這個 dnanexus-integration 技能適合誰
如果你正在建置或維護圍繞 DNAnexus 的 Backend Development 自動化，例如 Python 腳本、pipeline wrapper、app 設定或 job 協調，就適合使用這個 dnanexus-integration 技能。當你的工作會碰到 FASTQ、BAM 或 VCF 這類檔案，或需要一般程式協助常常忽略的 DNAnexus 專屬行為時，它特別有用。
它能幫你完成什麼
它的核心任務，是把模糊的平台需求轉成可落地的 DNAnexus 實作：建立 app/applet、定義輸入與輸出、執行 jobs、管理 projects，並安全地操作資料物件。當你需要遵循 DNAnexus 的慣例，而不是自己發明一套流程時，dnanexus-integration 尤其相關。
為什麼這個技能不一樣
這個 repo 是依照真實的操作面向來組織：app 開發、設定、資料操作、job 執行，以及 Python SDK。這種結構很重要，因為 DNAnexus 的工作常常會卡在細節上，例如 dxapp.json 的格式、輸入連結方式、執行情境，或 applet 與 app 的差異。當這些細節會影響方案能不能真的跑起來時，dnanexus-integration 技能就特別有價值。
如何使用 dnanexus-integration 技能
安裝並載入技能
如果你是採用本地 skills 工作流程，可以用下面指令安裝：
npx skills add K-Dense-AI/claude-scientific-skills --skill dnanexus-integration
接著先打開 SKILL.md，因為它定義了預期範圍，並指向真正提供實作指引的參考檔案。如果你是把 dnanexus-integration 安裝在更大的 repo 裡，請讓這個 skill 與你的專案脈絡並存，這樣它才能配合你的資料夾結構與部署限制。
先用正確的輸入形狀開始
最好的 dnanexus-integration 使用方式，是先給明確任務，而不是像「幫我處理 DNAnexus」這種寬泛要求。請把物件類型、語言與目標結果講清楚：
- 「用 Python 建立一個 DNAnexus applet，接受 BAM 檔與最小 mapping quality，然後輸出過濾後的 BAM。」
- 「為一個 Bash app 撰寫
dxapp.json的 inputs 和 runSpec，內容包括下載 FASTQ、執行 QC，並上傳結果。」 - 「示範如何用
dxpy搭配 linked inputs 啟動 workflow job。」
這種細節層級能提升輸出品質，因為 DNAnexus 的行為取決於執行模型、檔案連結方式，以及部署格式。
先讀這些檔案
對大多數使用者來說，最快的路徑是：
SKILL.md：查看範圍與適用時機references/app-development.md：查看建置結構與 applet/app 模式references/configuration.md：查看dxapp.json、metadata 與依賴項references/data-operations.md：查看檔案、record 與 object 的處理references/job-execution.md：查看 jobs 的執行與監控references/python-sdk.md：查看dxpy安裝與 API 用法
如果你卡住了，就先讀對應失敗點的檔案：設定錯誤看 configuration，執行期問題看 job execution，物件處理問題看 data operations。
讓結果更好的實務流程
把 dnanexus-integration 當成實作助理來使用：
- 描述你要建立或修改的平台物件。
- 說明你需要的是 applet、app、script，還是
dxpy範例片段。 - 提供預期的輸入、輸出與檔案類型。
- 說明你需要本機開發、平台執行，或兩者都要。
- 先要求最小可運作版本，再逐步擴充。
這個流程可以減少猜測，並讓產出的提示詞更容易對照 DNAnexus 慣例進行驗證。
dnanexus-integration 技能 FAQ
dnanexus-integration 只適合基因體工作嗎？
大致上是。這個 repository 的重心是 DNAnexus 雲端基因體與生物資訊工作流程，所以最適合用在這個生態系中的 pipeline 開發、檔案操作與平台自動化。
使用它需要有 DNAnexus 經驗嗎？
不需要，但有基本熟悉度會更好。即使是初學者，只要提供具體目標與檔案類型，也能使用 dnanexus-integration 技能。當需求太模糊，或使用者不確定需要的是 applet、app，還是 script 時，這個技能的幫助就會比較有限。
為什麼要用這個，而不是一般提示詞？
一般提示詞可以草擬程式碼，但當任務取決於平台專屬規則時，dnanexus-integration 會更好用：像是 dxapp.json、dxpy、project 與 folder 的處理、applet 與 app 的行為差異，以及 job 啟動慣例。對必須在 DNAnexus 上執行的 Backend Development 任務來說，它會更可靠。
什麼情況下不該使用它？
如果你的任務與 DNAnexus 無關、只需要一般 Python 建議，或你是在做完全本機的資料處理、沒有平台執行需求，就不該使用 dnanexus-integration。這種情況下，一般程式設計提示詞會更快。
如何改進 dnanexus-integration 技能
把缺少的 DNAnexus 細節補給模型
最大的改善來自於把 repository 無法自行推斷的資訊講清楚：檔案類型、輸入名稱、輸出位置、執行語言，以及 job 是在平台上跑，還是由外部 script 啟動。對 dnanexus-integration 的使用來說，「一個處理 VCF 檔的 workflow」不如「一個 Python applet，接受 VCF、sample name 與 Boolean flag，然後把結果寫到 /out」來得清楚有效。
注意常見失敗模式
大多數差的輸出都來自執行假設寫得不夠完整：輸入連結錯誤、applet 與 app 混淆、漏掉 dxapp.json 欄位，或寫出忽略 DNAnexus object 生命週期的程式。如果第一個答案看起來很泛，就請 dnanexus-integration guide 一次只聚焦一個檔案路徑或一個 job step。
從骨架迭代到可上線版本
一個有效的改進循環通常是：
- 先要求最小可運作的 app 或
dxpy範例， - 再請它驗證輸入與輸出，
- 接著加入依賴項、container 設定或 project 處理，
- 最後再要求部署或測試指引。
這通常比一次要求完整端到端 pipeline 更好，因為 DNAnexus 的失敗往往是設定驅動，而不是演算法驅動。
把 repo 檔案當作檢查點
如果產出的答案已經接近，但還不能部署，請在修改前先對照 references/configuration.md 與 references/job-execution.md。這些檔案是最快抓出 metadata 不一致、run specification 錯誤，或對 job state 做出不安全假設的方法；而這正是大多數人在判斷 dnanexus-integration 是否適合自己的 Backend Development 任務時最在意的部分。