von K-Dense-AI
diffdock ist ein Docking-Skill zur Vorhersage von Protein-Ligand-Bindungsposen aus PDB-Strukturen oder aus Proteinsequenzen plus Liganden in SMILES, SDF oder MOL2. Verwenden Sie den diffdock Skill für structure-based drug design, virtuelles Screening und Posenanalyse mit Konfidenzwertung. Er ist nicht für die Vorhersage der Bindungsaffinität gedacht.
von K-Dense-AI
Die molecular-dynamics-Skill hilft dir dabei, Molekulardynamik-Simulationen mit OpenMM und MDAnalysis für Scientific Workflows einzurichten, auszuführen und auszuwerten. Sie eignet sich für Proteinstabilität, Ligandenbindung, konformationelles Sampling und Trajektorienanalysen wie RMSD, RMSF, Kontaktkarten und freie-Energie-Flächen. Der Fokus liegt auf praxisnaher Einrichtung, Force Fields und reproduzierbarer Ausführung.
von K-Dense-AI
Analysieren und optimieren Sie die Proteinglykosylierung mit der glycoengineering Skill. Erkennen Sie N-Glykosylierungs- Sequons, schätzen Sie O-Glykosylierungs-Hotspots ab und unterstützen Sie die Optimierung von Antikörpern, das Impfstoffdesign und Glycoengineering in Data-Analysis-Workflows mit praxisnahen Entscheidungshilfen.
von K-Dense-AI
esm-Skill für Proteinsprachmodelle, einschließlich ESM3-Generierung und ESM C-Embeddings. Verwenden Sie diesen esm-Leitfaden für Proteinsequenzdesign, inverses Folding, Funktionsvorhersage und Codegenerierungs-Workflows mit lokaler Inferenz oder der Forge API.
von K-Dense-AI
adaptyv hilft dir, die Adaptyv Bio Foundry API und das Python SDK zu nutzen, um es zu installieren, Proteinsequenzen zu übermitteln und Assay-Ergebnisse abzurufen. Nutze dieses adaptyv Skill für API-Entwicklung, Auth-Setup, Request-Design sowie praktische Hinweise für Workflows zu Binding, Screening, Thermostabilität, Expression und Fluoreszenz.
