medchem

medchem 技能概览

medchem 技能能做什么

medchem 是一个用于药物发现中化合物优先级筛选的 medicinal chemistry 过滤技能。它可以帮助你应用基于规则的检查，例如 Lipinski、Veber、PAINS、结构警示和复杂度指标，从而更快、更少依赖人工复核地对大规模化合物库进行分流。

适合谁使用

这个 medchem 技能最适合从事 hit triage、lead optimization、库清理或化合物质量审查的科研用户。如果你需要一种实用方法把有潜力的分子和高风险分子区分开来，medchem 非常适合 Scientific workflows。

为什么要安装它

安装 medchem 的核心价值在于决策支持：它能把一组粗糙的化合物转化为更有依据的候选清单。尤其适合你想要统一的过滤规则、可扩展的批量筛查，以及能够解释“为什么这个分子被标记”的场景。

如何使用 medchem 技能

medchem 的安装与首次检查

使用以下命令安装 medchem 技能：

uv pip install medchem

在工作流中使用之前，先阅读 SKILL.md，确认它支持的规则家族和输入模式。由于这个仓库很轻量，没有额外的支持目录，技能文件就是主要的事实来源。

把模糊目标转成可用输入

medchem 的使用方式，在你明确这三件事时效果最好：分子格式、决策目标、过滤严格程度。比如，不要只说“做化合物过滤”，而是明确要求“筛选这些 SMILES，检查 Lipinski、PAINS 和 structural alerts，并返回 pass/fail 结果及原因”。

适合获得最佳结果的实际工作流

当你已经知道自己要回答什么筛选问题时，medchem 最好用。一个比较稳妥的流程是：先标准化分子，选择相关规则集，执行过滤，然后单独复核临界化合物，而不是直接自动丢弃。这样做很重要，因为 medchem 的规则是指导原则，不是绝对真理。

先读哪些文件

先从 SKILL.md 开始，再查看安装、何时使用该技能以及核心能力相关章节。如果你要把逻辑接入更大的 pipeline，批量运行之前，应先把规则名称和过滤类型映射到你自己的 assay、library 或 property 约束上。

medchem 技能常见问题

medchem 只是做 drug-likeness 过滤吗？

不是。medchem 技能还覆盖 structural alerts、PAINS 风格筛查、优先级排序以及与复杂度相关的检查。如果你的任务是更广义的 medicinal chemistry triage，它仍然很有用。

我需要它，而不是普通 prompt 吗？

如果你只是想快速理解一个概念，用普通 prompt 就够了。只有当你需要一个可重复、基于规则的 Scientific 化合物过滤工作流，而且希望尽量减少解释误差时，才安装 medchem。

medchem 适合新手吗？

可以，前提是你能提供 SMILES 或其他清晰的分子表示，并且知道自己想要什么结果。它对新手不太友好的情况，通常是输入集合很乱、没有标签，或者缺少选择合适过滤器所需的 property 上下文。

什么时候不该用 medchem？

不要把 medchem 单独作为最终 go/no-go 决策依据。它是筛查和优先级排序工具，应该与 assay 数据、target 上下文以及 medicinal chemistry 判断结合使用。

如何改进 medchem 技能

给技能更明确的筛查 brief

medchem 输出质量最高的输入，通常会明确说明规则家族、分子格式和决策阈值。比如：“筛选这 2,000 个 SMILES，按 Rule of Five、Veber 和 PAINS 检查；标出失败项并说明原因；把临界案例单独保留。”

提供会影响过滤选择的上下文

如果你处理的是 CNS、oral、fragment-like 或 lead-like 化合物，请一开始就说清楚。这个上下文会决定 medchem 应该更强调 Lipinski 风格规则、leadlike 约束，还是更专门的 medicinal chemistry 过滤器。

让输出给出原因，不只是标签

只有 pass/fail 列表的价值，不如带上触发规则、结构警示和化合物编号的标注结果。要求说明原因，会让 medchem 更容易审计，也更容易在下一轮中优化。

反复修正 false positives 和 false negatives

第一次运行后，检查那些被意外标记或漏掉的化合物，再围绕这些边缘案例收紧 prompt。这个反馈循环，是让 medchem 更贴合你的特定 library 和筛选策略的最快方式。